Isaac Makhdoomi kommer fra en indisk-sveitsisk familie og vokste opp i Basel-området. Som barn av to verdener nøt han en variert og innholdsrik barndom, både kulturelt og musikalsk, noe som ga ham et åpent øre for en lang rekke påvirkninger. Som klassisk utdannet musiker og eksperimentell improvisator lykkes han med å implementere disse mangfoldige forslagene med lidenskap og suksess.

Fra 2005 til 2012 studerte han blokkfløyte i mesterklassene til Kees Boeke og Maurice Steger ved Zürich University of the Arts.

Isaac Makhdoomi foretrekker å spille som solist eller i kammermusikkformasjoner. Repertoaret hans inkluderer hovedsakelig stykker fra tidlig til sen barokk, men han er også godt kjent med eldre renessanselitteratur og samtidsstykker. Som improviserende blokkfløytespiller er det svært viktig for ham å kunne presentere instrumentet sitt med dets fargerike, blendende variasjon av lyder og store fleksibilitet. Siden 2013 har han gjort dette med blant andre jazzpianisten Andreas Svarc, som han spiller egne komposisjoner med under navnet «Sangit Saathi», som stilmessig er klassifisert som crossover. I 2016 ga han ut sitt første album med egne komposisjoner, Changing Moments. 

I 2015 ble CD-innspillingen av Bachs Brandenburg Concertos med Brandenburg State Orchestra under ledelse av Howard Griffiths gitt ut. Isaac Makhdoomi fikk spille solo blokkfløyte på denne innspillingen.

I 2021 ga Isaac Makhdoomi ut en vakker CD med alle sonatene til den stort sett ukjente Domenico Maria Dreyer på Prospero Classical-etiketten. Dette albumet ble laget i samproduksjon med SRF 2 Kultur og ble entusiastisk feiret av spesialpressen.

Siden Isaac Makhdoomi også har fullført Master of Arts in Music Pedagogy i tillegg til Master in Performance, har han undervist blokkfløyte med stort engasjement og engasjement ved to musikkskoler i Baden-området i kantonen Aargau siden 2013. Han jobber også som komponist for blokkfløyten og har utgitt egne verk med Heinrichshofen og Edition Tre Fontane.