Isaac Makhdoomi kemur frá indverskri-svissneskri fjölskyldu og ólst upp á Basel svæðinu. Sem barn tveggja heima naut hann fjölbreyttrar og viðburðaríkrar æsku, bæði menningarlega og tónlistarlega, sem gaf honum opið eyra fyrir margvíslegum áhrifum. Sem klassískt menntaður tónlistarmaður og tilraunakenndur spunaleikari tekst honum að útfæra þessar fjölbreyttu tillögur af ástríðu og árangri.

Frá 2005 til 2012 lærði hann blokkflautu í meistaranámskeiðum Kees Boeke og Maurice Steger við Listaháskólann í Zürich.

Isaac Makhdoomi vill helst spila sem einleikari eða í kammertónlistarmyndböndum. Á efnisskrá hans eru aðallega snemm- og síðbarokkverk, en hann þekkir líka eldri endurreisnarbókmenntir og samtímaverk mjög vel. Sem spunablokkflautuleikari skiptir hann miklu máli að geta kynnt hljóðfærið sitt með litríkum, töfrandi fjölbreytileika hljóða og mikla sveigjanleika. Frá árinu 2013 hefur hann gert þetta með djasspíanóleikaranum Andreas Svarc, sem hann leikur með eigin tónverk undir nafninu „Sangit Saathi“ sem flokkast stílfræðilega undir crossover. Árið 2016 gaf hann út sína fyrstu plötu með eigin tónsmíðum, Changing Moments. 

Árið 2015 kom út geisladisksupptaka af Brandenborgarkonsertum Bachs með Brandenborgarsveitinni undir stjórn Howard Griffiths. Isaac Makhdoomi fékk að spila sóló blokkflautu á þessari upptöku.

Árið 2021 gaf Isaac Makhdoomi út fallegan geisladisk með öllum sónötum hins að mesta óþekkta Domenico Maria Dreyer á Prospero Classical útgáfunni. Þessi plata var búin til í samvinnu við SRF 2 Kultur og fagnaði ákaft af sérfræðipressunni.

Þar sem Isaac Makhdoomi hefur einnig lokið meistaranámi í tónlistaruppeldisfræði auk meistara í flutningi hefur hann kennt blokkflautu af mikilli alúð og ástundun við tvo tónlistarskóla á Baden-svæðinu í kantónunni Aargau síðan 2013. Hann starfar einnig sem tónskáld fyrir blokkflautuna og hefur gefið út eigin verk með Heinrichshofen og Edition Tre Fontane.